微生物研究中常见图表绘制方法大全 | 16S专题-技术前沿-资讯-生物在线

微生物研究中常见图表绘制方法大全 | 16S专题

作者:联川生物技术公司 2017-05-26T09:40 (访问量:18973)

上期给大家介绍了微生物研究中常见的图表含义,那么这些图表是如何绘制出来的大家知道吗?今天小编就来给大家介绍几款图表绘制软件,供大家使用。
先来看看下面这几篇文章:
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微生物实验样本获取及制备指南(下篇) | 16S专题

微生物实验样本获取及制备指南(上篇) | 16S专题
微生物研究必知的6个知识点 | 16S专题

这些都是之前小编同事们写的,大家可以直接点击进去查看,除了这些,今天小编还有一款新的软件要教大家使用——LEfSe 在线分析教程
LEfSe(LDA Effect Size)分析,可以用于两个或多个分组之间的比较,从而找到组间
有显著性差异的物种(即 biomarker),分析步骤主要分为三步:

Step1:利用 Kruskal-Wallis 秩和检验检测所有的特征物种,通过检测不同组间的物种丰
度差异,获得显著性差异物种。

Step2:再利用 Wilcoxon 秩和检验检测上步获得的显著性差异物种的所有亚种是否都趋
同于同一分类级别。

Step3:最后用线性判别分析(LDA),得到最终的差异物种(即 biomarker)。
LEfSe 在线分析网址:http://huttenhower.sph.harvard.edu/galaxy/
网页界面如下:


1、数据格式
一般微生物物种分析结果中都能得到OTU在不同分类水平的物种丰度结果,将数据格式转化为下图所示的网站标准输入格式,即可进行后续的分析。


2、上传数据
将标准格式的文件上传至网站:(Get Data->Upload File),具体设置如下图:



3、LEfSe分析-步骤A)Format Data for LEfSe 格式转化


输出文件格式(该格式文件只是中间文件,具体意义不需要详细理解)如下:



4、LEfSe分析-步骤B) LDA Effect Size (LEfSe) 差异计算与统计



输出结果:



各列意义如下:
第一列:物种信息
第二列:平均丰度最大的log10的值,如果平均丰度小于10按照10来计算
第三列:差异物种富集的组名称
第四列:LDA值
第五列:Kruskal-Wallis秩和检验的P值,如果不是biomarker,则用‘-’表示


5、LEfSe分析(C-F步骤均为作图)

步骤C)Plot LEfSe Results

输出图形结果如下(如果差异过多或过少,可重新设置第四步参数并运算,然后作图):

步骤D)Plot Cladogram(参数设置与步骤C类似)


输出结果:



图注:不同圆圈表示不同分类层级,从内至外,依次为门-纲-目-科-属。每个节点表示一种物种,黄色表示该物种在三组中无显著性差异,其他颜色,以groupA中的红色为例,如果节点颜色为红色则表示该物种在比较组中有显著性差异,且该物种在groupA中的丰度更高,其他颜色以此类推。具体差异的门和纲直接在左侧图中标出,其他差异以字母表示,具体代表的物种在右侧标出。
步骤E)Plot One Feature (画其中一个物种在不同组样品中的柱状图)


结果展示:

图注:图中不同分组用黑实线隔开,每组柱状图中的实线表示该组样品表达量的平均值,虚线代表该组样品表达量的中位值。
步骤F)Plot Differential Features (绘制差异物种或基因柱状图,输入设置与E基本类似)


步骤E和F的区别在于,E每次只能做一张图,F可以绘制biomarker(或所有的物种)柱状图。一般建议跳过步骤E,直接做步骤F,步骤F的结果一般以压缩包的形式,下载到本地解压后即可查看每个biomarker在不同样品中的表达柱状图。
6、结果下载


今天的作图软件教程就讲到这里了,欢迎大家留言给小编,说出最想学习的教程,说不定下期的专题就是你想学习的那个内容哦~

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