样本收集：取样前24h不能洗澡，不能使用润肤乳及抗菌活性的肥皂等；取样前7天不能使用抗菌成分的沐浴用品；取样时采用无菌棉签或无菌手术刀片轻轻刮取皮肤表面取样，区域大小约为4 cm²；若是取指甲等其他部位样本，需将指甲样品剪碎后用蛋白酶K过夜55℃处理，其他样品用yeast lysis buffer and lysozyme处理1h（37℃）；-80℃保存。

建议：由于皮肤微生物采集较困难，菌量可能不多，因此建议取样时进行多管备份保存，以备后续实验需求。

样本收集：用EDTA抗凝管抽取1-2ml全血；颠倒抗凝管 8-10 次，充分混匀EDTA 和全血，保证抗凝效果；-20℃保存。

建议：由于血液样本十分特殊，提取的DNA宿主会占多数，且样本中本身细菌含量较低，无法保证扩增建库成功，因此需要根据实际情况及经验调整提取方案。但实际情况，无论是何种方法提取，成功率均不高。

样本收集：根据研究目的选取对应的新鲜植物组织；依次用70%无水乙醇浸泡40s，再用2.5%次**钠浸泡10 min，每100 ml 2.5%次**钠加一滴吐温80； 无菌水清洗2-3次，-80℃保存。

建议：由于植物内生菌微生物样本十分特殊，提取的DNA宿主会占多数，若宿主DNA去除失败，则无法保证扩增建库成功，因此需要根据实际情况及经验调整提取方案。

DNA提取（建议参考文献）：

内生细菌提取： Illumina-based analysis of endophytic bacterial diversity and space-time dynamics in sugar beet on the north slope of Tianshan mountain；

内生真菌提取：Functional characteristics of an endophyte community colonizing rice roots as revealed by metagenomic analysis

样本收集：抽取针对实验目的空气微颗粒，用不同孔径大小的无菌滤膜筛选目的颗粒；（将含颗粒过滤膜装入无菌铝箔内，密封在-80℃长期保存）；截取适量大小过滤膜，置于含1×PBS缓冲液的50 ml离心管；在 4℃条件下，加速度离心2 h；温和漩涡处理，0.2 μm的Supor 200 PES Membrane Disc Filter 过滤纸过滤重悬液。

建议：由于样本特殊，微生物含量较少，建议多管备份保存。

样本收集：根据实验设计确定取样的深度和范围，由于水体样本的特殊性，取样体积需大于5 L，取样工具需灭菌处理，采样后进行滤膜过滤，选择合适孔径的滤膜。对于澄清水体或者略浑浊水体，选用0.22 μm或者0.45 μm的滤膜；对于浑浊水体，建议先用大孔径的滤膜过滤一遍，再用小孔径的滤膜过滤；水体泥样的采集提供大于5 g样本。

建议：由于水体样本的特殊性，样本直接保存困难，因此建议一次取样足够，一般提取一次需要2张滤膜，分装保存足够量的滤膜，便于后续实验的使用。

样本收集：活性污泥样本取自活性污泥装置中，一般取样量大于20 ml，将其置于无菌管中，建议立即提取后-80℃保存；海洋沉积物样本根据研究目的进行取样，一般建议取1kg以上的沉积物装入无菌的塑料袋中，低温运输并尽快进行提取后-80℃保存。

建议：活性污泥样本等一般建议及时提取，样本体积较大，长时间-80℃保存一方面储存不便，另一方面冻融提取也比较困难，加大了实验工作量及难度。建议之间提取后保存DNA即可。

样本收集：根据物体形状大小采用不同的方式进行收集，对于形状较小的物体，直接将其放入无菌的容器中，加入PBS进行冲洗，振荡使微生物脱落到PBS中，利用PBS提取DNA或者经滤膜过滤之后进行DNA提取；形状较大物体：采用无菌棉签沾取无菌水擦拭物体表面取样，或用无菌手术刀片轻轻刮取物体表面取样，均使用无菌离心管收集样品，-80℃保存。

建议：物体表面微生物根据实际情况不同存在差异，若微生物较少可能会对提取存在干扰，建议多取几次，保证足够的量。