文章简介

近期，中国科学院遗传与发育生物学研究所的曹晓风课题组使用北京贝瑞和康生物技术有限公司的测序平台，取得了一项里程碑式的新成果：该课题组发现了植物组蛋白去甲基化酶招募的新机制。

相关研究成果于2016年4月25日在国际著名学术期刊《自然遗传》（Nature Genetics）（影响因子为29.352）杂志上在线发表(doi:10.1038/ng.3556)。该项研究得到了科技部重大研究计划、国家自然科学基金和植物基因组学国家重点实验室的支持。

研究背景

核小体作为真核生物的染色质的基本单位，由DNA缠绕组蛋白八聚体构成。组蛋白N端存在多种共价修饰，这些翻译后修饰通过影响染色质的状态而调控基因表达等过程。组蛋白H3第27位赖氨酸的三甲基化修饰（H3K27me3）通过维持基因的沉默状态，在动植物细胞命运决定以及发育中起着重要的调控作用。实验室前期研究发现REF6/JMJ12可以特异性的去除H3K27me3/me2甲基化修饰，调控了拟南芥基因组中超过600个基因的H3K27me3水平。该工作于2011年发表在Nature Genetics杂志。然而，REF6如何特异性招募到这些靶基因上的分子机制还不清楚。

研究方法

测序材料：拟南芥

测序方法：ChIP-Seq

测序模式：100PE

研究结果

1.本文通过对植物中的REF6进行研究，发现REF6蛋白C端的串联锌指结构域是其功能所必须的。缺失串联锌指结构域的REF6蛋白虽然仍具有H3K27me3去甲基化的酶活性，但是不能找到其靶基因位点。

2.进一步研究发现REF6可以通过自身的串联锌指结构域识别特异DNA基序（CTCTGYTY）实现其对靶基因的选择性，进而实现位点特异性的H3K27me3去甲基化。

3.通过对基因组内CTCTGYTY基序的生物信息学分析，研究者发现REF6更倾向于结合在CTCTGYTY基序密集而且染色质处于活跃状态的区域（图1）。同时研究者发现在ref6突变体中有一定比例的子叶融合表型。前人研究发现拟南芥CUC1，CUC2和CUC3三个同源的转录因子参与了子叶边界分离过程。

图1：REF6通过ZnF结构域识别CTCTGYTY序列

4.染色质免疫共沉淀实验表明，REF6可以结合CUC1和CUC3基因位点并去除H3K27me3甲基化，但不影响CUC2。与之前的发现一致的是CUC1和CUC3基因位点含有多个CTCTGYTY基序，而CUC2基因位置不含有此基序。ref6与CUC基因的双突变以及三突变的遗传分析进一步证实REF6通过CUC1和CUC3基因而不是CUC2基因调节器官边界形成。

5.REF6同源蛋白广泛存在于植物不同类群（从苔藓植物到被子植物），对这些蛋白锌指结构域的序列识别特异性进行进一步研究将有助于我们理解植物中组蛋白去甲基化酶有何特异调控靶基因。

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参考文献

1. Cui X, Lu F,et al., REF6 recognizes a specific DNA sequence to demethylate H3K27me3 and regulate organ boundary formation in Arabidopsis. Nat Genet. 2016 Jun;48(6):694-9.

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